In der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts beschäftigten sich Basler Studenten und Professoren intensiv mit der neuen Medizin des Paracelsus. Anders als die traditionell-scholastische Medizin sah Paracelsus den Menschen und die Welt in der Tradition des hermetischen und neoplatonischen Denkens unter ständigem Einfluss der Gestirne. Dieses Denken zeigt sich bei Agrippa von Nettesheim und Paracelsus sowie bei deren Nachfolgern in einer metaphorischen und analogischen Sprache, die kosmische Verbindungen offenbart. Solche Verbindungen, zwischen Steinen und Planeten oder zwischen Menschen und Pflanzen beispielsweise, liegen für die Anhänger dieser Weltsicht wirklich und natürlich vor und schlagen sich in essenziellen Zeichen nieder. Eine Pflanze sieht aufgrund beispielsweise ihrer Farbe (Signatur) nicht nur aus wie ein menschliches Körperglied, sondern ist wie dieses. Der berühmte Arzt Heinrich Khunrath betonte in seiner Basler Dissertation De signatura rerum naturalium im Jahr 1588 die Wichtigkeit der natürlichen Zeichen. Auch andere Akademiker verhandelten die Bedeutung, Natur, Funktion und Kraft der Zeichen in ihren Schriften. Offensichtlich kommt den Zeichen in der Wahrnehmung und im Verständnis der Welt eine zentrale Rolle zu. Selbst Thomas Erastus grossangelegte Polemik gegen Paracelsus neue Medizin (Basel 1572-1573) lässt sich im Kern als Kritik an den natürlichen Zeichen verstehen. Erastus sah nicht ein, wieso künstliche Zeichen von natürlichen Dingen beeinflusst werden könnten. Paracelsische Zeichen polarisierten wegen ihres natürlichen und essenziellen Wesens, ihrer himmlischen Ursache und ihrer magischen Wirkung. Kritiker wie Erastus sahen in ihnen sogar häretisches Potenzial.
Bisher sieht die Medizin- und Wissenschaftsgeschichte Paracelsus vor allem als frühes Beispiel eines alchemistischen Arztes an, der anhand seiner Signaturenlehre anfing, Heilwirkungen empirisch zu entdeckten. Vereinzelt werden die analogische Sprache der Paracelsisten und die damit verbundene Zeichenidee betont. Dabei nehmen die Zeichen aber keine fundamentale Bedeutung innerhalb der Theorien ein. Die zentrale Stellung der Zeichen im Paracelsismus soll anhand von Basler Dissertationen der Medizinischen Fakultät des späten 16. Jahrhunderts gezeigt werden. Das vorliegende Dissertationsprojekt verdeutlicht, dass Paracelsus Ideen vor allem deshalb Prominenz erlangten, weil die zeitgenössischen Rezipienten darin mehr sahen als alchemistische Herstellungsmethoden von Medikamenten und eine auf Signaturen basierende Naturerkenntnis. Das Wesen und die potenzielle Häresie des Paracelsismus lassen sich über das essentielle Zeichenverständnis besser erklären als über alchemistische Methoden und Tätigkeiten.