Während des Zweiten Koalitionskrieges kam es im Frühjahr 1799 in verschiedenen Regionen der Helvetischen Republik zu Aufständen, so auch im Kanton Oberland, welcher erst ein Jahr zuvor nach dem Einmarsch der Franzosen vom Berner Territorium abgekoppelt worden war. Mitte April 1799 formierten sich in den Seitentälern des Berner Oberlandes bewaffnete Aufständische, welche Richtung Kantonshauptort Thun vorrückten. Ein helvetisches Truppenaufgebot konnte den Aufstand jedoch niederschlagen.
Der anti-helvetische Widerstand nimmt in der allgemeinen Forschung zur Helvetischen Republik eine wichtige Stellung ein, vor allem wenn es darum geht, die Ursachen für das Scheitern der Republik zu klären. Am hartnäckigsten zeigte sich dieser Widerstand in der katholischen Innerschweiz. Begründet wird dies gerne mit dem Verlust der politischen Autonomie im helvetischen Zentralstaat und den antiklerikalen Massnahmen der neuen Regierung. Im Kanton Oberland hingegen waren die Verhältnisse etwas anders als in der Innerschweiz. Das Berner Oberland war nämlich reformiert, wodurch die katholische Religion als Grundlage für den Widerstand nicht in Frage kam. Diese Voraussetzung macht den Kanton Oberland als Fallbeispiel für die Forschung über den antihelvetischen Widerstand besonders interessant. Die Auswertung der Verhörprotokolle von über 600 inhaftierten Aufständischen hat ergeben, dass der Aufstand in der Oberländer Bevölkerung breit abgestützt war. Die Gefangenen waren grossmehrheitlich Landarbeiter oder Handwerker. Es wurden Männer jeden Alters verhaftet. Auch die Anführer waren keinesfalls Angehörige der alten Eliten (Berner Patriziat oder Pfarrer), sondern ebenfalls Männer aus dem Volk. Die alten Eliten nahmen höchstens am Rande auf die Ereignisse Einfluss. Das Volk im Oberland verfolgte somit eigene Ziele und Interessen. Die ältere These, das Volk sei beim anti-helvetischen Widerstand bloss passiver und verführter Anhang der alten Eliten gewesen, kann daher widerlegt werden.
Die Motive des Aufstandes lassen kein klares ideologisches Bild erkennen. Religiöse Beweggründe spielten ohnehin höchstens eine Nebenrolle. Im Vordergrund stand vielmehr die Angst vor den bevorstehenden Truppenaushebungen. Daneben hatten auch schon im Verlaufe des Jahres 1798 verschiedene Massnahmen der neuen Regierung, zum Beispiel die Entwaffnung vieler, aber nicht aller Oberländer Gemeinden, den Unmut im Kanton geschürt. Gerüchte über neue, hohe Steuern oder über die Auflösung der helvetischen Regierung heizten die Situation zusätzlich an. Eine Analyse der Verhältnisse und Vorkommnisse in Zweisimmen – zusammen mit Spiez ein Zentrum des Aufstandes – zeigte ausserdem, dass die Insurrektion von 1799 ihre Schubkraft auch aus innerdörflichen Rivalitäten bezog. Seit dem Frühjahr 1798 hatte sich in Zweisimmen ein Konflikt zwischen den örtlichen Beamten und einer oppositionellen Gruppierung immer mehr verschärft.
Ein wichtiger Grund für das Scheitern des Aufstandes waren Mängel in der Organisation. Zwar gab es Kontakte und sogar ein kleines Netzwerk zwischen den aufständischen Gemeinden des Oberlandes. Die Bemühungen gingen jedoch viel zu wenig weit. Ausserdem hing der Aufstand zu stark von den Zentren Spiez und Zweisimmen ab. Auch die Verbindungen über die Kantonsgrenzen hinaus in andere Gebiete, in welchen es im Frühjahr 1799 ebenfalls zu Aufständen kam (Deutsch- Freiburg, Wallis), waren insgesamt nur lose.
Die Untersuchung der Vorgänge im Kanton Oberland beschränkte sich jedoch nicht nur auf die Aufständischen alleine. Im Weiteren wurde der Fokus auch auf das Verhalten der Behörden der Helvetischen Republik gerichtet. Dabei zeigte sich, dass die nach dem Ausbruch des Aufstandes eingeleiteten Gegenmassnahmen zur Wiederherstellung von Ruhe und Ordnung mit Schwierigkeiten verbunden waren. Mit über 600 Gefangenen war die Zahl der inhaftierten Aufständischen zu hoch, so dass die meisten ohne ordentliches Verfahren zum Militärdienst eingezogen oder gleich wieder freigelassen wurden. Die wichtigsten Anführer hatten sich zwar vor einem Kriegsgericht zu verantworten. Dessen Urteile fielen am Ende jedoch derart mild aus, dass später sogar die Kriegsrichter selbst vor Gericht gestellt werden sollten. Das Verfahren gegen die Richter kam jedoch nie zu einem Abschluss. Nebenbei konnten einige Anführer sogar aus der Gefangenschaft fliehen. Ausserdem wurden die aufrührerischen Gemeinden mit einer Kontribution belegt, welche jedoch äusserst spärlich bezahlt wurde.
Die involvierten Stellen der Helvetischen Republik nahmen den Aufstand im Kanton Oberland unterschiedlich wahr. Es herrschte auch kein Konsens über das Vorgehen. Die Bandbreite führte von den milden Kriegsrichtern bis hin zum Regierungskommissär, der mit äusserster Härte und Übereifer den Aufständischen entgegen trat.