Nella sua attività collezionistica l'AFMS documenta le misure sovvenzionate dalla Confederazione nell'ambito dei monumenti storici, della salvaguardia degli insediamenti e dell'archeologia. L'Archivio conserva i documenti della Commissione federale dei monumenti storici (CFMS), della Sezione patrimonio culturale e monumenti storici (Ufficio federale della cultura UFC), delle esperte e degli esperti della Confederazione e di personalità o istituzioni operanti in questi ambiti. Inoltre gli sono affidati oltre cinquanta raccolte e lasciti di valore architettonico, fotografico e storico tra cui le collezioni Photoglob e Zinggeler o l'archivio della casa borghese. L'abbondante materiale raccolto comprende rapporti di restauro, piani, fotografie e negativi, pratiche amministrative e pubblicazioni.